Программа GeneCut предназначена для проведения in silico экспериментов по сборке генов и молекулярному клонированию.

Основные функции программы включают:

• Обратная трансляция аминокислотной последовательности с оптимизацией кодонного состава под определённый организм.
• Оптимизация кодонного состава входной нуклеотидной последовательности.
• Исключение определённых сайтов рестрикции и/или сплайсинга и/или пользовательских мотивов из нуклеотидной последовательности.
• Разбиение нуклеотидной последовательности на олигонуклеотиды для последующей сборки одним из методов:
  • Polymerase Cycling Assembly (PCA),
  • Thermodynamically Balanced Inside-Out (TBIO).
• Разбиение нуклеотидной последовательности на длинные блоки для последующей сборки одним из методов:
  • Gibson assembly,
  • Overlap extension PCR.
• Клонирование одного или нескольких фрагментов в плазмиду одним из методов:
  • Gibson assembly,
  • Gateway.

GeneCut software is designed for in silico experiments in gene assembly and molecular cloning.

The key features are as follows:

• Reverse translation of amino acid sequence with codon optimization for a specific organism.
• Codon optimization for an input nucleotide sequence.
• Removal of specific restriction enzyme sites and/or splicing sites and/or user motifs from a nucleotide sequence.
• Splitting of nucleotide sequence into oligonucleotides for subsequent assembly using one of the methods as follows:
  • Polymerase Cycling Assembly (PCA),
  • Thermodynamically Balanced Inside-Out (TBIO).
• Partitioning of nucleotide sequence into long blocks for subsequent assembly using one of the methods as follows:
  • Gibson assembly,
  • Overlap extension PCR.
• Cloning of one or several fragments into a plasmid using one of the methods as follows:
  • Gibson assembly,
  • Gateway.